焼酎造りに使われる麹菌は、黒麹菌・白麹菌、そして清酒に使われる黄麹菌がある。黒麹菌と白麹菌はクエン酸を多く出し、それが醪を雑菌から守る。麹造りでは、麹菌によって糖化酵素とクエン酸を生成することが目的になる。黄麹はクエン酸性成力は弱い。