本格焼酎の麹原料となるのは主に米、あるいは麦である。麹原料の米には、国産他用途米、国産米、タイ米などが使われている。原料米の精米歩合は90%前後になる。麦は外国産の麦を主に使う。この他、芋、そばなどを麹原料として使った本格焼酎もある。